Le prime testimonianze di insediamenti risalgono al Neolitico. Nei decenni scorsi sono stati rinvenuti, nelle frazioni di S.Antonio e Bancole, numerosi manufatti in selce ed alcuni resti umani risalenti a 6.500 anni fa.

L'origine del nome "Porto Mantovano" è molto più recente. Le prime testimonianze risalgono ad alcuni documenti dell'anno 862 d.C. nei quali viene citato un "Portus de Mantua". Diversi inventari dei secoli X e XI riportano invece la dicitura "In Portu Mantuano". Il porto al quale si riferiscono questi documenti è quello fluviale che sorgeva presso l'odierna località denominata Cittadella (oggi parte del comune di Mantova).

Il borgo di Porto, all'epoca dei Gonzaga, fu dotato di muraglie e bastioni che lo trasformarono in un'importante struttura di difesa. In quei secoli Porto era diviso in tre "Collonelli" (frazioni): Soave, Favorita e Schiarino. Ad essi erano aggregate le principali corti circostanti. Tali insediamenti contavano, nel 1617, circa 1.450 abitanti. A questi si aggiungevano i 632 abitanti del "Borgo di Porto", l'odierna Cittadella. 

Dopo la caduta dei Gonzaga anche il territorio di Porto Mantovano finì sotto l'influenza austriaca fino al 1797 quando, dopo il lungo Assedio di Mantova, concluso con la battaglia della Favorita, passò sotto il controllo dei francesi.

Con la caduta di Napoleone I e la fine del breve Regno d'Italia (1805-1814) il territorio di Porto Mantovano tornò agli austriaci. La resa alle truppe austriache venne firmata dal viceré d'Italia Eugenio di Beauharnais, il 16 aprile 1814 con la Convenzione di Schiarino-Rizzino, stipulata a Porto Mantovano, presso l'omonima corte che oggi è denominata Schiarino-Previdi.

Porto rimase sotto il dominio asburgico fino al 1866 quando Mantova venne annessa al nascente Regno d'Italia (1861-1946). All'occupazione austriaca dell'800 risale la costruzione della stazione ferroviaria di Sant'Antonio che venne inaugurata, nel 1851, dall'arciduca Ferdinando Carlo e dal maresciallo Radetzky quale "Imperial Regia Stazione di Mantova".

Porto Mantovano assunse i confini attuali, durante la prima metà del '900, con lo scorporo dei territori di Cittadella, Ponte Rosso, Gambarara e Colle Aperto che vennero annessi al comune di Mantova.